Интересовался жизнью народов, населяющих Бурятию. С 1928 по 1934 г. работал заведующим этнографическим отделом Иркутского музея. Вел активную атеистическую деятельность, участвовал в создании антирелигиозного отдела в музее.

С самых первых дней в науке и на протяжении всей жизни Алексей Павлович вел полевые археологические работы в Прибайкалье, на Амуре, Колыме, Селенге, в Якутии, на Таймыре, в Средней Азии, Монгольской Народной Республике.

В пещере Тешик-Таш им были обнаружены останки неандертальского человека. Окончив аспирантуру в 1938 г., Окладников успешно защитил кандидатскую диссертацию на тему «Неолитические могильники в долине реки Ангары». Тогда же его приняли на должность старшего научного сотрудника в Институт материальной культуры Академии наук СССР (г. Ленинград). В этом учреждении Алексей Павлович проработал 14 лет, с 1949 г. занимая должность заместителя директора. В 1940–1945 гг. ученый возглавил Ленскую историко-археологическую экспедицию, осуществленную по поручению Академии наук и Совета Министров Якутской АССР. В 1947 г. на материалах, собранных во время полевых работ, защитил докторскую диссертацию «Очерки по древней истории Якутии», а в 1949 г. опубликовал первый том «Истории Якутской АССР». В результате изучения А. П. Окладниковым древнейших племен, населявших побережье Байкала, истории их культуры, вышло в свет капитальное исследование в двух томах «Неолит и ранний бронзовый век Прибайкалья». В этом труде впервые была дана классификация археологических памятников Прибайкалья. Девять лет (1952–1961 гг.) Окладников был заведующим сектором палеолита Института археологии Академии наук СССР в Ленинграде. Большим событием в жизни ученого в этот период стало присуждении ему Сталинской премии II степени за работу о неандертальском человеке.

А. П. Окладниковым обнаружены и исследованы многочисленные памятники эпохи палеолита, неолита и бронзового века, сделаны важные открытия в истории многих народов, населяющих территории Сибири, Дальнего Востока, Средней и Центральной Азии. Ученый по-новому осветил прошлое представителей якутской, бурятской и других народностей, рассмотрев с марксистско-ленинских позиций взаимоотношения между ними, показав прогрессивную роль в этом русских.

С 1961 г. Алексей Павлович связал свою судьбу с Сибирским отделением АН СССР. Занимая должности заместителя директора Института экономики и организации промышленного производства и заведующего отделом гуманитарных исследований, Окладников руководил работами крупных экспедиций по археологическому исследованию Дальнего Востока и долины реки Ангары.

Интерес ученого к вопросам археологии и древнейшей истории Азиатской части Советского Союза, определенных государств (Монголия, страны Тихоокеанского побережья) отражен в сотнях научных отечественных и зарубежных публикаций. Среди них такие работы, как «Очерки по истории западных бурят-монголов», «Русские полярные мореходы XVII в.  берегов Таймыра», «О первоначальном заселении Сибири человеком и новых находках палеолита на «Зее», «Во тьме тысячелетий (В поисках первых обитателей Азии)», «По следам первобытного человека», «Первобытная Монголия» и многие другие.

Под его руководством и при непосредственном участии изданы пять томов «Истории Сибири». С  февраля 1967 по 1981 г. А. П. Окладников руководил Институтом истории, филологии и философии СО АН СССР, являлся членом президиума Сибирского отделения Академии наук, председателем объединенного ученого совета по историко-филологическим и философским наукам СО Н СССР, председателем научного совета по проблемам истории Сибири, археологической комиссии и комиссии по востоковедению.

Награжден двумя орденами Ленина, тремя орденами «Знак Почета», медалями. Память об академике А. П. Окладникове увековечена в мемориальной доске на здании созданного им института.

 

​