Для проведения первой Всесибирской олимпиады был создан Олимпиадный комитет СО АН, в работе которого участвовали академики М.А. Лаврентьев, С.Л. Соболев, А.И. Мальцев и др. Возглавил оргкомитет член-корреспондент АН СССР Г.И. Будкер.

Первый тур Олимпиады был заочным: задачи опубликовали в газете «Комсомольская правда», журнале «Наука и жизнь», а также распространяли непосредственно по школам Сибири, дальнего Востока, Казахстана и Средней Азии. После проверки решений задач по математике и физике через органы народного образования были разосланы приглашения на второй тур олимпиады, который совпадал с областными и краевыми олимпиадами. Таким образом, Всесибирская олимпиада, успешно вписалась в складывающуюся систему Всероссийских, а впоследствии и Всесоюзных олимпиад школьников.

Победители второго тура Всесибирской олимпиады и участники, успешно прошедшие собеседование с представителями Олимпиадного комитета, выезжавшими для проведения второго тура, были приглашены в Первую летнюю физико-математическую школу, проходившую в Новосибирском Академгородке в июле и августе 1962 года. Лучшие ребята из этой школы и составили первый набор Физико-математической школы – интерната, открывшейся в Новосибирске в январе 1963 года.

Через олимпиады Сибирского отделения, которые стали регулярными, прошли тысячи школьников из разных городов и сел Сибири, Дальнего Востока, Средней Азии, Казахстана.

Проведение подобных олимпиад позволяло раскрывать молодые таланты, приобщать их с ранних лет к исследовательской работе.​